Die Tageszeitung „La Prensa Grafica“ fasste die Kritik zahlreicher ziviler Organisationen zusammen und führt eine Erklärung der Kommission für Menschenrechte der Universität El Salvador (CDHUES) an: Die Aktion sei ein Verstoß gegen das Recht der Opfer, die Wahrheit zu erfahren. In die Kritik gerät auch Präsident Bukele, der seine Zusage bislang nicht durchsetzen konnte oder wollte.
Am Montag wurde Richter Jorge Guzman laut lokalen Medien der Zugang zu Dokumenten über das Massaker von El Mozote verweigert. Demnach sollte an diesem Tag eigentlich die Untersuchung der Militärarchive beginnen. Die Armee gab als Begründung an, sie sei über den Vorgang nicht informiert gewesen.
Als „bedauerlich, traurig, schändlich, dunkler Tag“, bezeichnete der Ombudsmann für Menschenrechte, Apolonio Tobar, die Weigerung der Militärs. Zugleich ermunterte er die Regierung El Salvadors, sich ein Beispiel an der spanischen Justiz zu nehmen. Diese hatte jüngst eine Strafe von 133 Jahren gegen einen ranghohen salvadorianischen Militär verhängt, der an der Ermordung von sechs Jesuiten im November 1989 beteiligt gewesen sein soll – ebenfalls eine Operation, die dem Batallon Atlacatl zugeschrieben wird. „Die Straflosigkeit darf nicht weitergehen, die Opfer müssen die Wahrheit erfahren, Zugang zur Justiz bekommen und Wiedergutmachung erhalten“, sagte Tobar laut „ElSalvador.com“.
Während des Bürgerkriegs in El Salvador kamen zwischen 1980 und 1992 rund 75.000 Menschen ums Leben. Das Schicksal von 8.000 Verschwundenen ist noch immer ungeklärt. Den Beginn dieses Krieges markierte die Ermordung von Oscar Romero am 24. März 1980. Der damalige Erzbischof von San Salvador wurde 2018 heiliggesprochen. In seinem Heimatland gilt Romero als Nationalheld. Sein Grab befindet sich in der Kathedrale von San Salvador.